1. 先從自己已有的素材資料夾開始
先整理自己拍攝或已合法儲存的影片，把它們留在容易找到的資料夾。若素材來自他人，也請另行保留來源、作者與允許用途的筆記，方便日後創作時確認。
將素材資料夾加入桌面應用程式並等候索引完成。之後可用截圖搜尋候選影片與相符時間區間，或先執行影片檔案搜尋，再接續片段搜尋，找回下一次剪輯需要的素材。
若也需要儲存支援的網頁影片，可選用 Chrome 擴充功能。先在桌面應用程式的設定中安裝並連接擴充功能；Chrome 負責下載，已連接的桌面程式為完成的檔案建立索引。擴充功能支援影片直連及部分 HLS/DASH 點播串流，不支援直播或 DRM 保護媒體。
2. 先為一個熟悉的資料夾建立索引
登入桌面程式，加入一個包含熟悉影片的小資料夾，等待索引完成，再嘗試搜尋。之後可加入外接硬碟或已掛載的網路儲存空間。
建立索引和定位檔案時，保持相關硬碟連線。無須先搬動所有原始檔；準備時間取決於影片數量、內容與電腦硬體。
建立索引時，可在活動頁查看進度與讀取問題。完成後，概覽會顯示素材庫的數量和狀態；所有檔案清單則列出每個檔案的名稱、路徑、類型、大小、長度、解析度及可用狀態。依賴搜尋或重複數量前，先確認實際涵蓋範圍。
3. 辨識已收藏的重複影片
用影片檔案搜尋，或檢視素材庫中的重複項目。MediaDNA Library 透過 AI 視覺特徵尋找候選，再核對完整視覺內容，辨識不同檔名的副本。重複判定以完整畫面內容為依據；音軌、字幕軌、編碼或畫質仍可能不同。移除前請確認要保留的版本。
比較預覽與檔案位置，決定專案需要哪一份。僅有共用片段不代表整部影片重複。可以保留所有副本；移除是選用動作，需要自行選取並確認。
建立索引後，可在重複檔案管理中查看完整內容相符的群組。先比較路徑、預覽及可用狀態，再決定是否移除。本機刪除通常會移至系統垃圾桶；網路檔案可能需要永久刪除，程式會在確認前說明。保留有用途的備份也是合理選擇。
4. 加入新影片前，先查詢是否已有副本
收到新影片時，可先在內容搜尋選取該檔案，再決定是否將所在資料夾加入素材庫。查詢檔案只用於這次搜尋，不會自動進入索引。完整檔案比對可以找出檔名不同的既有副本。
若找到經過完整內容驗證的結果，先看實際儲存位置，再決定是否需要多留一份。若沒有結果，先確認相關硬碟已連線並完成索引，之後才加入新檔案的資料夾或存到已索引位置。沒有結果不能證明素材原創，也不能代表未索引的儲存位置沒有副本。
5. 依照手上的線索選擇搜尋方式
還記得部分檔名或路徑時，可到所有檔案清單進行文字搜尋，並依媒體資料夾或可用狀態篩選。記得專案名稱或攝影機檔名時，這通常最快。
不記得檔名時，改用內容搜尋。可選取圖片或影片檔案，也可從剪貼簿貼上一張圖片或一個支援的媒體檔案。圖片會提供候選來源與時間範圍；影片會先檢查完整內容，接著可繼續搜尋它出現在長影片中的片段。
6. 需要某個鏡頭時，從畫面找回檔案
記得畫面但忘了檔名時，用截圖搜尋。有短片段時，先以影片檔案搜尋，再接續片段搜尋，尋找連續重疊的素材。
確認候選影片、時間範圍及檔案位置，再到慣用的剪輯工具中使用。找到相符素材不等於取得使用授權，仍須查閱保留的來源與使用條件。
7. 讓素材庫與原始檔持續可用
新增或更動影片後更新素材庫。遇到遺失檔案，先確認外接硬碟或網路資料夾是否斷線，不要直接認定影片已刪除。
另外備份原始檔和來源紀錄。搜尋沒有結果時，先檢查資料夾是否納入索引、索引是否完成，再換一張截圖或另一段片段。
8. 管理分散在多顆硬碟上的素材
例如把目前專案放在電腦、舊拍攝素材放在外接硬碟，另在已掛載 NAS 保留備份。加入需要搜尋的資料夾即可，不必把原始檔案集中搬到同一個目錄。分別核對各來源的索引與可用狀態。
開啟搜尋結果前，先查看路徑，確認需要哪一顆硬碟。若檔案無法存取，重新連接硬碟或掛載網路資料夾，再核對來源狀態。可搜尋的索引不能取代原始影片；硬碟未連接，也不能視為檔案已被刪除。